A endoscopia é utilizada para o diagnóstico e tratamento de diversas doenças que atingem as crianças. Visando a melhoria na saúde dos pequenos, esse procedimento pode ser indicado eventualmente por gastropediatras ou qualquer outro médico que o julgue necessário, além de situações de urgência e emergência – nestes casos, são indicados principalmente quando há ingestão acidental de corpos estranhos, moedas, baterias e pedaços de brinquedos, por exemplo, ou de produtos que contenham substâncias lesivas, como a soda cáustica, e para episódios de sangramento digestivo.

Para sua realização, é necessário que inicialmente a criança seja submetida à anestesia ou sedação. Em posição lateral esquerda, o exame é feito seguindo o mesmo protocolo do adulto. Coloca-se um protetor bucal, a fim de impedir que a boca seja fechada e em seguida insere-se o endoscópio, aparelho responsável pela visualização do trato digestivo alto (esôfago, estômago e duodeno).

Além disso, a endoscopia também é utilizada para diagnosticar alguns problemas como dores abdominais, vômitos, dificuldade de deglutição e diarreia crônica. O mesmo procedimento tem função terapêutica nos casos de locais hemorrágicos ou com potencial hemorrágico.